Transferden sonra artan kaliteli embriyolar dondurularak saklanabilir. Dondurma oranı bir merkezin kalitesini gösteren önemli parametrelerdendir.
Bazı durumlarda transfer yapmadan tüm embriyoların dondurulması tercih edilebilir. Buna total freze adı verilir. En çok OHSS ( Ovaryan Hiperstimülasyon Sendromu) riskinin yüksek olması, endometriumun yeterince kalınlaşmaması, yumurtaların erken çatlama eğilimine girip progesteron hormonunun yükselmesi nedeni ile yapılır. İleri yaşta az yumurtalı kadınların gebelik şansını arttırmak için havuz yapılarak embriyo biriktirilmesi bir başka endikasyondur.
Türkiye’deki yönetmelik dondurulmuş embriyoların 5 yıl saklanmasına müsaade etmektedir.
Dondurulmuş embriyolarla başarı oranları normalden düşük değildir. Tersine bazı durumlarda daha yüksektir. Kandaki östrojen düzeyinin taze transfere göre daha fizyolojik düzeyde olması avantaj olarak kabul edilir ve bazen sırf bu nedenle tüm embriyolar dondurulup sonra transfer edilmesi tercih edilir.
Dondurulmuş embriyolar kullanılırken tekrar yumurta büyütmeye ve toplamaya gerek yoktur. İğneler kullanılmaz. Bazı haplar veya bantlarla rahim içi hazırlanır. Bu ortalama 15 günlük bir süreçtir. Bundan sonra embriyonun donmuş olduğu güne uygun olarak transfer yapılır. 12 gün sonra yapılan gebelik testi ile sonuç alınır.